בג'יסר א-זרקא כיום כשנים-עשר אלף תושבים ושטח השיפוט של המועצה כולל כאלף וחמש מאות דונם בלבד. היישוב כלוא בין קיסריה בדרום, הים במערב, כביש מספר 2 (כביש החוף) במזרח ושמורת הטבע נחל התנינים בצפון. זהו היישוב הפלסטיני היחיד ששרד לאחר 1948 בכל מישור החוף, דרומה לחיפה.
בשטח המפריד בין שכונותיה הדרומיות של ג'יסר א-זרקא לבין השכונות הצפוניות של קיסריה, מן היישובים האמידים ביותר בישראל, הוקמה "חומת הפרדה" – סוללת עפר בגובה של כ-5 מטרים ובאורך של כקילומטר וחצי. הסוללה הוקמה על ידי החברה לפיתוח קיסריה ללא היתר ובלי שום הידברות עם מועצת ג'יסר א-זרקא. חומה זו נוספת לרשימת גדרות ההפרדה שנבנו בישראל בין שכונות ערביות ליהודיות, כמו ברמלה ובלוד. רצועת השטח בה הוקמה החומה הייתה מיועדת לסלילת כביש גישה לשכונותיה הדרומיות של ג'יסר, אך בשל החומה לא ניתן לסלול את הכביש כמתוכנן.
לפני כשנה חוברו היישובים הסמוכים אור עקיבא וקיסריה לכביש מספר 2 באמצעות מחלף בעלות של כ-60 מיליון שקלים, אך הגישה לג'יסר א-זרקא היא עדיין בכביש ארוך, מפותל ומסוכן היוצא מכביש מספר 4. למרות שבשלבי התכנון הקמת המחלף הותנתה בהקמת מחלף דומה עבור ג'יסר, לא נעשה אף צעד בכיוון, ורק בעקבות עתירה שהגיש ארגון עדאלה התחייבה מע"צ להקים מחלף, אך לא נקטה במועד. בקיסריה מתגוררים כ-4,800 תושבים לעומת כ-12,000 בג'יסר, ובאור עקיבא כ-16,000 תושבים, רק מעט יותר מאשר בגי'סר.
שכונותיה המזרחיות של ג'יסר א-זרקא נושקות לכביש מספר 2, אחד הכבישים העמוסים ביותר במדינה. למרות זאת, בעוד שבכל יישוב אחר הסמוך לכביש מהיר הוקמו גדרות אקוסטיות, בג'יסר לא הוקמה עדיין גדר, והתושבים סובלים ממפגעי רעש וזיהום אוויר, ומסכנת חיים, הנשקפת בעיקר לילדים המתפתים לחצות את הכביש.
כיום ג'יסר א-זרקא סובל מאחוזי אבטלה גבוהים, עוני, רמת הישגים נמוכה בכל בתי הספר, ורמת בריאות ירודה. מיקומו הייחודי של היישוב, קרבתו לשפת הים ולאתרים היסטוריים וארכאולוגיים, מקנים לו פוטנציאל התפתחות גבוה. תקציבי פיתוח הולמים, חיבור נאות לרשת הכבישים והסרת מחסומים בינו לבין יישובים סמוכים יאפשרו ליישוב למצות את הפוטנציאל הגלום בו ולהיחלץ מן המצוקה.